Pusat Penjaminan Mutu merupakan salah satu bagian di dalam institusi Poltekkes Kemenkes Kupang yang bertanggung jawab untuk mengelola, mengawasi, mengendalikan dan meningkatkan kualitas institusi secara berkelanjutan sesuai siklus SPMI (Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian dan Peningkatan) Tri Dharma Perguruan Tinggi (Pendidikan, Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat), Tata Pamong dan Layanan Non Akademik yang disediakan di Poltekkes Kemenkes Kupang sesuai standar yang ditetapkan oleh Kemenristekdikti dan Lembaga yang melakukan akreditasi.