Penjaminan Mutu memiliki peran yang vital dalam penyelenggaraan pendidikan di Perguruan Tinggi. Keberadaan Pusat Penjaminan Mutu di Poltekkes Kemenkes Kupang adalah untuk menjamin kualitas kinerja Tri dharma Perguruan Tinggi dan menciptakan kesamaan pemahaman tentang sistem penjaminan mutu internal di Poltekkes Kemenkes Kupang melalui identifikasi permasalahan dalam pencapaian standar mutu di setiap jurusan/program studi, dan setiap bagian di Direktorat serta cara penyelesaiannya dan juga meningkatkan penyelenggaraan sistem penjaminan mutu internal, mekanisme kerja organisasi, dan standar mutu secara berkelanjutan, baik dalam bidang akademik, non akademik, tata kelola dan mekanisme kerja organisasi.
Menjadi Perguruan Tinggi Kesehatan Berkualitas yang Menghasilkan Lulusan Unggul, Mandiri dan Berkarakter.